El segundo teniente Kei Agemaki, hijo de un famoso general, ha ocultado toda su vida su miedo extremo a los seres paranormales. Sin embargo, cuando él y otros dos son reasignados para vivir y trabajar con youkai en el Ministerio de Asuntos Espirituales, se enfrenta cara a cara con su peor pesadilla. Ahora, con la ayuda del espíritu zorro Kushimatsu, él y sus compañeros deben aprender a trabajar junto a las doncellas youkai (Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki y Bonbori) para resolver casos paranormales. Ambientada en medio de una versión alternativa de la occidentalización japonesa, Otome Youkai Zakuro explora los enfrentamientos y uniones que pueden ocurrir cuando el este se encuentra con el oeste, lo local se encuentra con lo extranjero y las mujeres se encuentran con los hombres. La inusual alianza de las doncellas youkai y los oficiales humanos debe aprender a trabajar juntos en un mundo que está cambiando a su alrededor.