La serie se centrará en Gamera enfrentándose a cinco Kaiju diferentes.
El verano pasado. Amigos. Y Kaiju. En el verano de 1989, Boko, Joe y Junichi, alumnos de sexto grado, se encuentran en sus últimas vacaciones de verano como estudiantes de escuela primaria. Como para romper con su rutina diaria, un monstruo llamado Gyaos ataca repentinamente Tokio. Los cuatro quedan petrificados en medio de un pueblo convertido en ruinas. Cuando Gyaos los mira, un enorme kaiju con forma de tortuga aparece frente a los chicos. Su nombre es Gamera. A pesar de sus heridas, Gamera lucha contra Gyaos con todas sus fuerzas. Esto sólo marcaría el comienzo del "Verano de Kaiju" de los chicos.