Se rumorea que si una joven hace un trato con un hada blanca, le concederá cualquier deseo que su corazón anhele. Sin embargo, a cambio, se convertirá en una chica mágica y deberá arriesgar su vida para matar a las temibles y feroces brujas. Iroha Tamaki, una estudiante de secundaria de buen corazón de la ciudad de Takarazaki, es la prueba viviente de que estos rumores son ciertos. Armada con una ballesta mágica y la capacidad de curar heridas, Iroha busca los laberintos donde se esconden las brujas y las derrota antes de que puedan aprovecharse de los humanos. Sin embargo, Iroha no recuerda su deseo, e incluso Kyuubey, el mismísimo hada blanca, parece no tener idea de lo que Iroha le pidió. Un día, Iroha escucha rumores de una ciudad donde "las chicas mágicas pueden salvarse" y se encuentra en un tren al atardecer hacia la ciudad de Kamihama. Desafortunadamente, descubre que las brujas de Kamihama son mucho más poderosas de lo habitual. Después de que la veterana chica mágica Yachiyo Nanami se ve obligada a salvarla, Iroha jura no volver jamás. Pero cuando un encuentro casual con un pequeño Kyuubey parece desencadenar recuerdos lejanos, Iroha se ve obligada a investigar la misteriosa ciudad a pesar del peligro.