A pesar de la derrota de Quinella, el pontífice de la Axiom Church, las cosas aún no parecen calmarse. Al ponerse en contacto con el mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descubre que el Ocean Turtle, un megaflotador controlado por Rath, fue asaltado. Debido a un cortocircuito repentino causado por los asaltantes, el fluctlight de Kirito se daña, dejándolo en coma. Sintiéndose insegura acerca de la gente de la Axiom Church, Alice lleva al inconsciente Kirito de regreso a su ciudad natal, Rulid Village, sin tener en cuenta su destierro debido a un crimen sin resolver. Ahora, Alice está viviendo una vida ordinaria y pacífica cerca del pueblo, deseando que Kirito se despierte. Sin embargo, la tragedia golpea cuando Alice se da cuenta de que el Territorio Oscuro ya ha comenzado a invadir el Imperio Humano. Reasumiendo su alias anterior, Alice Synthesis Thirty, promete derrotar al Territorio Oscuro para defender el mundo que Kirito y Eugeo trabajaron tan duro para proteger.