Después de muchas dificultades en su vida, Chise Hatori terminó en una subasta, donde fue comprada y luego liberada por el renombrado Thorn Sorcerer, Elias Ainsworth, solo para quedarse y convertirse en su aprendiz. Aunque ahora su vida es maravillosa, la llegada de un libro ilustrado, "La estrellita solitaria", le trae recuerdos de esos tiempos difíciles y la soledad que soportó. De niña, Chise vivió una gran tragedia: la muerte de su madre. Rechazada y no deseada tanto por sus compañeros como por sus familiares, ha vivido una vida desapegada y lamentable. Sin embargo, el descubrimiento inesperado de una biblioteca misteriosa en el bosque le proporciona un lugar temporal de consuelo. Al leer innumerables libros y pasar tiempo con la bibliotecaria de buen corazón, Chise comienza a sentirse menos sola en el mundo. Pero, ¿podría esta peculiar biblioteca tener un lado más oscuro?