Con su hermoso paisaje y su gente próspera, el Gran Japón es la envidia de todas las demás naciones. Pero una seria amenaza se cierne sobre el país. Los guardianes misteriosos conocidos como Maestro Samurai son la única defensa del Gran Japón. A instancias del consejo estudiantil, el joven samurái Muneakira Yagyuu llega a la Escuela Académica Buou. Dirigido por el shogunato Tokugawa, aquí los hijos de los guerreros reciben la educación aristocrática necesaria para gobernar el país. La escuela está dirigida por el presidente del consejo estudiantil Yoshihiko Tokugawa y su hermana Sen, quien también es amiga de la infancia de Muneakira. Al llegar a la academia, Muneakira se encuentra en medio de una terrible pelea. Durante el caos, el cielo se llena de una peculiar luz blanca y una misteriosa chica llamada Juubei Yagyuu aparece y de repente besa a Muneakira. Con su beso, ella despierta un poder desconocido que los protege. ¿Quién es esta chica y de dónde vino? Muneakira se encuentra enredado en el destino del país y en una amenaza que sacudirá el Gran Japón hasta la médula. Debe aprender el secreto detrás del Maestro Samurái y el beso que despertó el poder de Juubei para proteger a su país.