Mahiro Yasaka es solo un estudiante de secundaria ordinario, hasta que un día es atacado repentinamente por un monstruo peligroso. Justo cuando todo parece haberse perdido, es salvado por una chica de cabello plateado llamada Nyaruko, quien dice ser la deidad que cambia de forma Nyarlathotep del Cthulhu Mythos del autor de terror H. P. Lovecraft, enviada por la Agencia de Defensa Espacial a la Tierra. Ella le explica a Mahiro que la criatura que lo perseguía era un extraterrestre llamado Nightgaunt, que había planeado secuestrarlo y venderlo como esclavo. Después de rescatarlo del alienígena, la deidad Lovecraftiana se enamora locamente de Mahiro y se obliga a entrar en su casa, para su disgusto. Además, pronto se les unirán otros dos del universo ficticio: Cthuko, una chica obsesionada con Nyaruko, y Hasuta, un joven que fácilmente se confunde con una mujer hermosa. Juntos, los tres extraterrestres excéntricos protegen a Mahiro de los diversos peligros extraterrestres que amenazan tanto a su bienestar como al de la Tierra, al mismo tiempo que hacen de su vida un infierno.