Película de Sidonia no Kishi. Después de que la Tierra fuera destruida por misteriosas formas de vida alienígenas conocidas como Gauna, los restos supervivientes de la raza humana escaparon al espacio en la enorme nave generacional Sidonia. Habiendo vagado por el espacio durante milenios, el Sidonia se encontró una vez más bajo el ataque de Gauna por primera vez en un siglo. Una vez más frente a la amenaza de extinción, se logró una victoria temporal contra los Gauna gracias al híbrido humano-Gauna Tsumugi Shiraui y al piloto de mech Guardian Nagate Tanikaze. 10 años después... La gente de Sidonia disfruta de un breve respiro. Pasan días tranquilos, durante los cuales Tsumugi comienza a darse cuenta de sus sentimientos por Nagate, quien ahora es celebrada como una heroína de Sidonia. Sin embargo, como el Capitán Kobayashi siempre ha sabido, mientras los Gauna permanezcan, la paz no puede durar. La decisión está tomada: una batalla final, sobre la cual descansa el destino de los últimos supervivientes de la humanidad. A medida que se acerca el final, ¿podrá la tripulación proteger a sus seres queridos?