El juego está ambientado en el Imperio de Erebonia y tiene lugar después de la serie de juegos “Trails in the Sky” y durante el mismo período de tiempo que la bilogía “Crossbell”. La historia sigue a dos grupos en guerra: las aristocráticas “Cuatro Grandes Casas” y los reformistas. Los nobles, por un lado, desean mantener su poder manteniendo el control sobre sus propios ejércitos privados. Los reformistas, por otro lado, quieren disolver los ejércitos de los nobles y centralizar todo el poder bajo el primer ministro. Después de un intento fallido de arbitraje por parte del Emperador, las tensiones continúan aumentando. La trama del juego se centra en Rean Schwarzer y sus compañeros de la “Clase VII” en la Academia Militar Thors, que es una clase recién formada compuesta por la nobleza y los plebeyos de Erebonia, siendo la única en toda la academia que no se segrega en función de la clase social.