Durante los últimos tres años, la escuela secundaria Teikou ha dominado la escena del baloncesto nacional con su alineación legendaria: la "Generación de los Milagros". Consistía en cinco prodigios que se destacaron en el deporte, pero un "Sexto Hombre Fantasma" acechaba en las sombras y ayudó a que el equipo ganara su venerado estatus. Eventualmente, su monstruoso crecimiento los cansó del deporte que amaban y los hizo tomar caminos separados en la escuela secundaria. En busca de nuevos miembros, el equipo de baloncesto de Seirin High School recluta a Taiga Kagami y Tetsuya Kuroko, dos estudiantes de primer año que parecen tener diferencias significativas en sus habilidades. Habiendo regresado recientemente de Estados Unidos, Kagami tiene una aptitud natural y un amor implacable por el deporte. Mientras tanto, Kuroko carece de presencia y no exhibe un talento atlético sobresaliente. Sin embargo, más tarde se revela que él es el Sexto Hombre Fantasma de Teikou, el jugador que alguna vez formó parte de la Generación de los Milagros. Kuroko quiere demostrarle al equipo de Seirin que es fuerte a su manera. Al ver su convicción, Kagami forma una asociación dinámica con Kuroko, y este último promete apoyar la "luz" de Kagami como su "sombra". Junto a sus nuevos compañeros de equipo de Seirin, aspiran a conquistar el próximo campeonato Interhigh, pero la reaparición de los antiguos compañeros de equipo de Kuroko complica su plan.